El golpe de Estado de 1989 se debió materializar el 3 de febrero a las 3:00, pero los acontecimientos se adelantaron para no dar tiempo al dictador Alfredo Stroessner para reaccionar. El operativo, encabezado por su consuegro, el general Andrés Rodríguez, se inició a las 20:00 del día 2 de febrero, en momentos en que el mismo se encontraba en la casa de su amante María Estela “Ñata” Legal (Aviadores del Chaco).
La idea del grupo del Gral. Rodríguez era secuestrarlo para evitar enfrentamiento con sus leales. Sin embargo, el objetivo no se logró porque Stroessner fue alertado por una llamada telefónica y logró huir a la casa de su hijo Freddy, ubicada frente a Mburuvicha Róga.
De allí, acompañado de su hija Gracielita y su nuera Patricia Heickel, llegó hasta las instalaciones del Batallón Escolta Presidencial (Mariscal López y General Santos) y más tarde se refugió con su familia en la sede del Comando en Jefe (edificio contiguo).
Ante el fracaso del secuestro del dictador y tras un enfrentamiento en la casa de Ñata Legal, se inició inmediatamente el proceso del golpe. Los principales encargados del operativo se autodenominaron “Carlos”, cuyas comunicaciones por radio fueron transmitidas por Radio Cáritas.
El primer grupo de militares, movilizados en tanquetas (alrededor de 12) y más de 100 hombres, dirigidos por el entonces coronel Lino César Oviedo, se ubicó a una cuadra del Comando en Jefe, mientras que el otro contingente, liderado por el coronel Pedro Concepción Ocampos, se ubicó frente al Club Olimpia.
El Escolta fue rodeado y comenzaron los enfrentamientos pasadas las 21:00.
Por el lado de la Marina, el vicealmirante Eduardo González Pettir tenía la misión de ocupar el Palacio de Gobierno, el Cuartel Central de Policía e Investigaciones.
También se apoderó de Radio Primero de Marzo y Canal 9, medios por los cuales la proclama de Andrés Rodríguez se difundió cada 10 minutos, ya en la madrugada del 3 de febrero.
Cerca de las 23:30, el coronel Regis Romero informó sobre la rendición de los comandantes de la Fuerza Aérea.
Stroessner y su familia se encontraban en el Comando en Jefe, lugar hasta donde llegó el coronel Oviedo y logró la rendición del dictador, quien fue llevado detenido hasta la Caballería, donde firmó su renuncia como presidente de la República.
El depuesto general estuvo incomunicado en la Caballería hasta el 5 de febrero, día en que abordó un avión de la entonces Líneas Aéreas Paraguayas (LAP) con destino a Brasil, país que le había concedido el asilo político.
Las diversas situaciones adversas (políticas, económicas, sociales, crímenes, desapariciones, torturas, etc.) que afectaron al gobierno de Alfredo Stroessner durante los últimos años aumentaron el creciente descontento en todos los sectores. Tal es así que el último año (1988) ya había rumores de una conspiración, pero el dictador aún se sentía muy confiado.