En las divisiones formativas, Libertad tuvo un gran cierre de temporada con la obtención de los títulos en categoría juvenil heptagonal zona A, sub-13 heptagonal zona A y sub-14 heptagonal zona A.
Además, el conjunto gumarelo obtuvo subcampeonatos en sub-14, sub-16 y sub-17. En sub-13, se alcanzó el vicecampeonato del torneo anual. Todos los planteles participaron de la ceremonia de premiación de la Asociación Paraguaya de Fútbol (APF).
En la sub-16, el goleador anual fue Osmar Sosa, en dicha categoría también se contó con la valla menos vencida. En juvenil, el mayor artillero fue Rodrigo Acuña. En la sub-14 y sub-16 se sostuvo la valla menos vencida.
La temporada 2025 de las divisiones formativas se desarrolló con más de 1.800 encuentros disputados.
En la dirección técnica de las diferentes categorías del conjunto gumarelo estuvieron al frente reconocidos profesionales, como Jorge González, Adalberto Román, Éder Alonso, Fredy Vera y Ricardo Noguera.