Libertad adquirió una gran supremacía en estos primeros 23 años del presente siglo, adjudicándose 15 campeonatos oficiales de Primera División. Además, el Gumarelo se quedó con la segunda edición de la Copa Paraguay disputada en 2019.
El peor momento institucional de Libertad fue en 1998, cuando bajó de categoría, subiendo de nuevo a la división de honor dos años después.
A partir del 2001 Libertad es gerenciado por un grupo empresarial, adquiriendo la entidad una nueva fisonomía, acaparando la mayoría de los campeonatos de este nuevo siglo.
Entre el campeonato oficial de 2006 y el Clausura de 2007, el conjunto de Tuyucuá alcanzó el tetracampeonato, siendo el segundo equipo en todo del historial de la APF que lo consigue, junto con Olimpia.
Libertad es dueño del récord de puntos logrados por un equipo campeón desde que se implementaron los torneos cortos en 1996.
El Repollero alcanzó esa marca en dos campeonatos, cuando sumó 57 unidades. El primero fue en el Apertura 2008 bajo el mando del uruguayo Rubén Israel y por segunda vez en el Apertura 2022, con el argentino Daniel Garnero a la cabeza.
En el torneo Apertura de 2023 se mostró arrollador, asegurando el título tres fechas antes, demostrando una supremacía importante, para acrecentar su registro de consagraciones en el fútbol paraguayo.