La Ley Nº 1.626/00 de la Función Pública es inconstitucional en varios artículos y no en su totalidad según la sentencia de la Corte Suprema de Justicia ante el pedido del Tribunal Superior de Justicia Electoral, por ende no hay fundamento legal para cuestionar la decisión de separar a funcionarios mientras sean investigados.

En el año 2013 la Corte Suprema de Justicia concedió una Acción de Inconstitucionalidad al Tribunal Superior de Justicia Electoral contra los artículos 1, 6, 7, 15, 17, 25, 33, 35, 50, 59, 69, 74, 78, 93, 96, 99 y 102 por quebrantar el Principio de Separación de Poderes del Estado, Artículo 3 de la Constitución Nacional, soslayar el Principio de Independencia del Poder Judicial afectando a los artículos 248, 259, 273 y lesionar la organización de la Justicia Electoral.

Mediante esta decisión la Ley Nº 1.626/00 de la Función Pública está vigente en sus demás artículos para en la Justicia Electoral, por ende se puede aplicar el Artículo 42 que dice "Cuando un funcionario público fuera imputado de hechos tipificados como punibles será suspendido en el cargo por el tiempo que dure el proceso.

Si hubiese sido absuelto o sobreseído definitivamente en el proceso penal respectivo, el funcionario será repuesto en el cargo que desempeñaba en el tiempo de la suspensión o en otro equivalente" y el Artículo 43 que dispone "La destitución del funcionario público será dispuesta por la autoridad que lo designó y deberá estar precedida de fallo condenatorio recaído en el correspondiente sumario administrativo".

Atendiendo estas disposiciones legales, la suspensión de los funcionarios mientras sean investigados por la fiscalía se ajusta completamente a las leyes vigentes en Paraguay.