Juan abrió el marcador temprano, dos minutos después del pitazo inicial, y Perlaza en contra de su valla, sentenció la clasificación a los 87, poco antes del final.
Los colombianos se habían impuesto 1-0 en la ida en Bogotá.
El 'colorado' gaucho, campeón continental en 2006 y 2010, enfrentará en la semifinal al ganador de la llave entre el Emelec ecuatoriano y el mexicano Tigres.