De las 23 estaciones que tendrá el sistema del metrobús desde su terminal en San Lorenzo hasta el Puerto de Asunción, 18 estarán en el tramo más largo que comprende la Avda. Eusebio Ayala en Asunción, y la ruta Mariscal Estigarribia.

El proyecto contempla que 11 estaciones estén sobre Eusebio Ayala, 7 en el tramo de la ruta Mariscal Estigarribia y las 5 restantes en el trayecto del centro de Asunción. Se estima que cada estación distará entre 500 y 700 metros entre sí, dependiendo del flujo de pasajeros en las zonas establecidas como paradas, lo que optimizará el tiempo de para llegar a destino.

Según datos de las 2 primeras estaciones, la N° 23 "Ingavi", estará entre las calles Emilio Cubas y Avda. Ingavi, y la siguiente parada, la Nº 22, será en la estación Pastora Céspedes, ubicada entre la Avda. Pastora Céspedes y la calle Domingo Savio. Ambas están en territorio de San Lorenzo y serán los dos lugares donde se quedarán los buses semiexpreso, tras salir de la terminal que estará situada frente al campus de la Universidad Nacional de Asunción (UNA).

Las estaciones estarán ubicadas entre los carriles exclusivos por donde circularán los vehículos del metrobús; tendrán diferentes dimensiones y serán construidas con una estructura metálica, con cerramientos en aluminio y vidrio. Las bases están en plena construcción.

Se tendrán 3 tipos de estaciones, que varían en longitud de acuerdo a la demanda de pasajeros en cada estación. La estación Tipo 1 es de 160 m2; para la estación Tipo 2 la construcción será de 850 m2 y para la estación Tipo 3, que serán las más grandes y por donde pasarán los alimentadores tendrán un área de 1.140 m2.

Todas las paradas contarán con rampas de baja inclinación, y la altura de la plataforma de acceso estará al nivel del piso de los buses troncales, de modo a facilitar los ascensos y descensos.