El Mercado Común del Sur (Mercosur) acaparó la atención en ámbito diplomático año 2016. La situación de crisis política y humanitaria generó roces y desentendimientos en el bloque regional, donde Paraguay sentó postura desde un principio y se mantuvo en la misma hasta que finalmente se resolvió el impasse entre los países que integran el Mercosur.
En marzo de este año, el Gobierno paraguayo a través del Ministerio de Relaciones Exteriores solicitó una reunión de cancilleres del bloque para analizara la situación de crisis del gobierno venezolano, encabezado por el presidente Nicolás Maduro. Esta reunión solo se dio en junio de este año, sin embargo, el encuentro quedó marcado por el impasse entre los países del Mercosur.
También en marzo, Paraguay solicitó a la Organización de los Estados Americanos (OEA) la aplicación de la Carta Democrática, sin embargo, este pedido tampoco prosperó. En julio de este año, Uruguay decidió dejar la presidencia pro tempore y automáticamente Venezuela se autoproclamó en la conducción del bloque.
Esto derivó a un nuevo conflicto, ya que Uruguay mantenía la postura de entregar la presidencia a Venezuela como corresponde en la secuencia alfabética acordada en el Protocolo de Ouro Preto. La crisis se agravó en agosto de este año con el incumplimiento de los requisitos establecidos en el Protocolo de Adhesión de Venezuela y finalmente en setiembre los países miembros decidieron bajar al país caribeño el título de miembro pleno a miembro adherente.
En diciembre, al cerrarse el plazo de gracia sin que Venezuela adaptara toda su legislación a los parámetros del Mercosur, le fue retirada la voz y el voto. En la reunión de cancilleres del 14 de diciembre, donde se oficializó que Argentina asuma la presidencia pro tempore. La reunión también fue marcada por altercados de la ministra de Relaciones Exteriores de Venezuela, Delcy Rodríguez, quien acudió a la reunión sin ser invitada.