Tanto la Contraloría General de la República como la Dirección Nacional de Contrataciones Públicas (DNCP) informaron a los fiscales José Dos Santos y Josefina Aghemo de los hallazgos en materia de las obras, pero aun no intervinieron ese ámbito, pese a que al iniciarse la investigación solicitaron sus informes a ambas instituciones para validar las denuncias que los funcionarios del MDP hicieron a través de La Nación.

Solo en la sede de Pedro Juan Caballero, Amambay, Contraloría detectó hace meses unos G. 223.230.363 pagados de más a la contratista Ingeniería & Proyectos Ambientales Sienra Zavala, que según el informe, había abandonado la obra desde diciembre hasta cuando se hizo la auditoría. Advierten que la certificación (pago) acumulada totalizó G. 2.457.963.091, que representa el 46,3% del monto contractual, pero la obra se encuentra paralizada.

Además, la DNCP advirtió que el MDP amplió de forma irregular los contratos y periodos de certificación a las empresas contratistas en las obras para las sedes de San Juan Bautista, Misiones; Caacupé, Cordillera y Concepción sin haber comunicado a la entidad reguladora de los contratos de los cambios. Aseguran que en todos los casos ya era necesario aplicar la multa por el retraso de las obras, sin embargo, no se realizó esa gestión, se ampliaron los plazo y no se respetaron las especificaciones técnicas.

En cuanto a las estructuras con que se encontraron, el informe de DNCP señala haber encontrado "múltiples coqueras y varillas expuestas sin recubrimientos de hormigón en varios sectores de la estructura de hormigón armado del bloque principal, lo que puede llegar a comprometer sustancialmente la resistencia de la estructura del edificio".