La Contraloría General de la República (CGR) exige en su informe que el Tribunal Superior de Justicia Electoral (TSJE) informe sobre los motivos por el que se pagó dos veces el viaje de un funcionario de la institución, Alberto Barrios, a Madrid, España. También destaca otra serie de irregularidades en pagos que no figuran en el listado del TSJE, pero sí en la planilla de rendición de la empresa Inter Express SA.
Alberto Barrios, funcionario del TSJE, viajó a Madrid junto al ministro Alberto Ramírez Zambonini, y dos funcionarios más: Porfirio Torales y Édgar López, del 16 a 24 de setiembre, con un gasto de G. 44.922.646. Sin embargo, en los balances de la empresa de turismo figura en la misma fecha, del 16 al 21, otro viaje de Barrios a la capital española, con un total de G. 12.650.000 en boletos de la agencia. Según el informe de la Justicia Electoral proveído a la CGR, solo figura un pasaje. Barrios viajó a Madrid, España, para el "lanzamiento de Plan de Inscripción 2015".
El contrato con Inter Express fue firmado el 20 de agosto del 2015 por un importe máximo de G. 600.000.000 y un mínimo de G. 300.000.000. Según el recibo, el TSJE pagó a la empresa el total de G. 480.000.000 en concepto de "pasajes", como lo estipula el contrato con la empresa. Sin embargo, en el detalle de cuentas, se puede constatar que están incluidos gastos de alojamiento por G. 50.565.659, siendo que solo estaba permitido realizar la reserva del hotel.
Los gastos fueron distribuidos de la siguiente manera: en noviembre fue pagado "alojamiento y servicio" a los observadores internacionales, por G. 28.306.500; al ministro Jaime Bestard le fue pagado alojamiento en el Hotel Alvear Art de Buenos Aires, por G. 5.974.000; la ministra María Elena Wapenka realizó tres viajes con alojamiento, en noviembre, en el Hoter Sheraton Rio, diciembre Hotel Convair y fuera de vencimiento del contrato en el Hotel Radisson, totalizado G. 15.405.160. También fueron pagados G. 2.172.000 en traslado en Madrid a los tres funcionarios, Torales, Barrios, López, y al ministro Ramírez Zambonini.