El electo presidente del Partido Liberal Radical Auténtico (PLRA), Efraín Alegre, sigue esquivando la Justicia, pues a pesar de las numerosas causas abiertas en su contra en el Ministerio Público, por supuesta lesión de confianza durante su gestión al frente del MOPC, hasta ahora no fue imputado en ninguna de las pesquisas. El político ocupó el cargo desde agosto del 2008 hasta junio del 2011, durante el gobierno de Fernando Lugo.
El fiscal adjunto de Delitos Económicos, Federico Espinoza, confirmó a La Nación la existencia de causas abiertas contra Alegre, en las cuales se realizaron todas las pericias correspondientes, pero aún no se presentó imputación alguna.
Las investigaciones se encuentran varadas actualmente y ya pasaron por varios fiscales de la Unidad Anticorrupción, como René Fernández, Aldo Cantero, Liliana Alcaraz e Igor Cáceres, y ninguno de ellos presentó imputación.
Una de las carpetas fiscales abiertas contra el nuevo titular del Partido Liberal se había iniciado tras la denuncia del también ex ministro de Obras, Cecilio Pérez Bordón, quien había señalado que su antecesor supuestamente dejó un agujero de US$ 25 millones en la institución.
Otra de las acciones ante el Ministerio Público había sido arrimada por el ex sacerdote Pedro Robadín en el 2010, sobre un supuesto perjuicio de entre US$ 20 a US$ 30 millones en el MOPC, mediante la rescisión de contratos con 15 empresas por diversas obras. Según las sospechas, Alegre habría favorecido a una empresa, contratándola en tres oportunidades y entregándole sumas millonarias de dinero, sin que la firma haya realizado obra alguna.
Uno de los casos más conocidos, por el cual Alegre fue denunciado por lesión de confianza, estafa y tráfico de influencias, es el de la "Ruta de la Mentira" que une Caaguazú-Yhú-Vaquería. La misma fue inaugurada en el 2015, tras varios inconvenientes. Allí, el consorcio adjudicado durante la gestión de Alegre, supuestamente, se embolsó el 46% del pago de la obra, unos US$ 7 millones de dólares, pero tras el cobro dejó paralizadas las obras.
Por este caso investigaron los fiscales anticorrupción Liliana Alcaraz y Aldo Cantero, éste último posteriormente fue reemplazado por Igor Cáceres. Los casos por lesión de confianza solo pueden ser investigados en un plazo de 10 años y luego fenecen.