El presidente electo del Partido Liberal Radical Auténtico tuvo una serie de denuncias y cuestionamientos en su gestión al frente del Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones, cargo que lo ejerció desde la asunción del gobierno de Fernando Lugo, en agosto del 2008, hasta que en junio del 2011, el entonces Presidente lo destituyó del cargo, acusándolo de no dedicarse exclusivamente a "tareas propias de su cartera".

Durante su ejercicio de casi tres años en el Gabinete, fue objeto de dos intervenciones tanto de la Contraloría General de la República, como del Ministerio Público en base a su gestión. El caso más reciente se originó en el 2010, con una denuncia presentada por Pedro Robadín y funcionarios del MOPC, sobre un supuesto perjuicio de entre 20 a 30 millones de dólares en la cartera estatal, mediante la rescisión de contratos con 15 empresas por diversas obras.

Alegre habría favorecido a una empresa, contratándola en tres oportunidades y entregándole sumas millonarias de dinero, sin que la firma haya realizado obra alguna, según informes del Ministerio Público.

El 18 de marzo del 2011, el entonces contralor general, Óscar Rubén Velázquez, dispuso la realización de la auditoría financiera y presupuestaria al MOPC, correspondiente al ejercicio fiscal 2010. En fecha 28 de diciembre de 2011 concluyó la auditoría y recién el pasado 25 de noviembre de 2015 el informe final del trabajo fue remitido al ministro de Obras Públicas, Ramón Jiménez Gaona, tras una serie de denuncias que permanecían varadas desde casi 4 años en Contraloría.

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En el informe de más de 100 páginas se dio a conocer la falta de rendición de cuentas en el rubro 520 "Construcciones", por G. 41.719.247.739. En el documento también se menciona que el MOPC pagó G. 1.298.028.753 de más por certificación de obras.

INFORME DEL 2008

La otra auditoría realizada por Contraloría a la gestión de Alegre se remite al 2008, con una serie de irregularidades, principalmente con la presentación adulterada de los balances. Según este informe, de las comparación de los saldos de la cuenta de Activos de Uso Institucional, registrados en el Balance se Sumas y Saldos, han resultado diferencias de menos por G. 207.976.714 correspondiente a la Dirección de Correos; G. 1.903.270, a la Comisión Acueducto y G. 12.265.255.410 al Viceministerio de Administración y Finanzas. Esto quiere decir, que se presentaron balances por bienes que no les pertenecían.

Además, menciona que se había ejecutado obligaciones en el ejercicio en el ejercicio fiscal 2008, respaldado con facturas emitidas en ejercicios anteriores (2004,2006,2007) por G. 4.401.420.014.

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