Francisco abordó el avión que lo lleva a La Paz hacia las 13H00 locales (18H00 GMT). El presidente Rafael Correa y varios de sus ministros acudieron al aeropuerto Mariscal Sucre para darle la despedida.
El líder de los católicos, de 78 años, visitó un asilo de ancianos en las afueras de Quito y cumplió su última actividad en el santuario de La Virgen de El Quinche, a 30 km al este de la capital.
Allí pidió a sacerdotes y obispos volcarse al servicio de los fieles y cuidarse del "alzhéimer espiritual" que hace olvidar los orígenes humildes.
Durante media hora, el papa habló sin libreto sobre la "gratuidad" con la que la Iglesia debe servir en su misión evangelizadora y del riesgo que la ronda al olvidar sus raíces.
"Cuiden de no caer en una enfermedad, en una enfermedad que es del todo peligrosa para los que el Señor nos amó gratuitamente al seguirlo o al servirlo: no caigan en el alzhéimer espiritual, no pierdan la memoria" de donde los sacaron, señaló el papa.
Yo también -agregó- "siento muchas veces la tentación de olvidarme de la gratuidad con la que Dios me eligió y de olvidarme de donde me sacaron".
Con ese mensaje, Francisco cerró su escala de cuatro días en Ecuador.
En Bolivia visitará La Paz y Santa Cruz hasta el viernes 10, cuando viajará a Paraguay, donde cerrará su gira por Sudamérica.
El primer papa latinoamericano de la historia, quien presidió dos multitudinarias misas, fue ovacionado, besado y homenajeado con lluvia de pétalos de rosas por fieles que desafiaron el calor bochornoso de Guayaquil (suroeste) y el frío y la lluvia en Quito para escuchar sus palabras.
Miles de ecuatorianos salieron a las calles tanto de Quito como de Guayaquil para verlo pasar en su papamóvil.
Durante su paso por Ecuador, Francisco lanzó sin tapujos severas advertencias a los gobernantes y a la sociedad política, en un mensaje que calzó con el convulso presente político de Ecuador.
El presidente Correa, un confeso admirador de Francisco, aprovechó para aliviar tensiones y suscitó reacciones encontradas al asomarse el lunes acompañado por el papa en el balcón del palacio de Gobierno, en un gesto que fue interpretado como una manera de arrancar una bendición papal a su gestión.