Desde su creación, el 31 de enero de 1997, el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt) ha impulsado el desarrollo científico y la modernización tecnológica de Paraguay mediante la promoción y el sostenimiento de proyectos de investigación, incentivando la innovación y promoviendo la calidad para aumentar la competitividad del país. Además, desde el inicio de la pandemia ha impulsado acciones de lucha contra el covid-19 y varias propuestas para mitigar su impacto.

En el 2020 lanzó un llamado a la comunidad científica para contribuir al entendimiento, diagnóstico, atención y prevención del covid-19. Esto posibilitó la creación de un comité científico que apoyó en gran medida a las autoridades de salud en todas las áreas posibles. También, en medio de la pandemia realizó dos llamados a proyectos de investigación y adjudicó en tiempo récord 38 proyectos, con una inversión de más de 11 mil millones de guaraníes, para ayudar a generar soluciones efectivas en la lucha contra el covid-19. De esta manera, se llegó a 660 investigaciones financiadas en el marco del programa Prociencia, que cuenta con el apoyo del FEEI. También ha financiado 35 posgrados en las distintas áreas de la ciencia, tecnología e innovación y forma parte del Consejo del Programa Nacional de Becas Don Carlos Antonio López (Becal), contribuyendo así al desarrollo de capital humano capacitado para el desarrollo del país. Por otro lado, 512 investigadores se encuentran categorizados en el Programa Nacional de Incentivo a los Investigadores (Pronii); de los cuales, 232 son del nivel I, 62 del nivel II y 17 corresponden al nivel III. Además, 188 pertenecen al nivel candidato a investigador y 13 son investigadores eméritos. También ha apoyado la repatriación y radicación de 11 investigadores con el fin de promover la captación y recuperación de profesionales de alta calificación para el fortalecimiento de la ciencia nacional.