La Secretaría Nacional Antidrogas (Senad) fue creada en 1990 durante el gobierno del General Andrés Rodríguez, cuando la lucha contra el tráfico estaba a cargo de la Dirección Nacional de Antinarcóticos (Dinar), que dependía del Ministerio del Interior.

La creación de la Senad se dio con la colaboración de los Estados Unidos y fue nombrado David Marcial Samaniego, hijo del Gral. Marcial Samaniego, un egresado de la Universidad Castrense West Point, como primer encargado del ente.

Fueron siete los militares que se pusieron al frente de la Secretaría desde su creación hasta ahora, entre ellos el mencionado Samaniego, en primera instancia, y luego el Gral. Ramón Rosa Rodríguez, quien fue asesinado en un atentado en plena calle de Asunción en 1994, cuando transportaba en un maletín supuestas pruebas de la vinculación de altos militares y políticos paraguayos con el narcotráfico de la región.

Cabe señalar que entre el Cnel. Hugo Castor Ibarra fue el que mayor tiempo estuvo en el cargo. También estuvieron al frente dos comisarios retirados, un ex Fiscal, en este caso Francisco José De Vargas, actual ministro del Interior. La primera vez que ocupó el puesto sin que fuera militar o policía fue Luis Rojas, un agente especial de la propia institución. Con la designación del presidente Cartes, la Senad volverá a ser encabezado por un militar retirado, en este caso Hugo David Vera Quintana.

La Senad pasó a ocupar el trabajo de la Dinar, con el objetivo de, además de la represión al tráfico de drogas, establecer estrategias de vigilancia e inteligencia.