La agente fiscal Sandra Quiñónez, elegida por el Poder Ejecutivo para ocupar el cargo de fiscal general del Estado, encabezó las investigaciones en cinco casos de secuestro ocurridos en el país y en todos ellos consiguió la condena de los involucrados. El primero de ellos se relaciona con María Edith de Debernardi, registrado el 16 de noviembre del 2001, por el cual se habría pagado 1 millón de dólares, de los cuales se recuperaron 400.000. La Fiscalía identificó como responsables a Alcides Oviedo Brítez, Carmen Villalba, Aldo Meza, Juan Arrom, Anuncio Martí y Víctor Colmán. Los tres últimos consiguieron asilo en el Brasil.
Todos ellos eran integrantes del movimiento Patria Libre (convertido en partido más tarde), considerado base del hoy autodenominado Ejército del Pueblo Paraguayo (EPP). Dos años más tarde se registraba el rapto de la empresaria María Mercedes Elizeche, por cuyo rescate fueron desembolsados 140.000 dólares. Por el plagio fue condenada Cynthia Pérez Toranzos.
Tras este hecho y un año después (2004) se da el secuestro y posterior asesinato de Cecilia Cubas, hija del ex presidente de la República Raúl Cubas Grau. Los restos de la mujer, también hija de la actual senadora de la nación Mirta Gusinky, fueron hallados en la denominada "casa del horror", ubicada en la ciudad de Ñemby.
El protagonismo de Quiñónez fue vital para develar este sonado caso que conmocionó a toda la sociedad. Aquí consiguió la condena de Carlos Espínola, Agustín Acosta, Basiliano Cardozo, Simeón Bordón, Arístides Vera, Roque Rodríguez y Gustavo Lezcano. El rescate fue de 300.000 dólares.
En el 2008 investigó la desaparición del ganadero Luis Lindstron, quien fue llevado por miembros del EPP en julio de ese año. Posteriormente fue ejecutado por la misma banda en mayo del 2013. Fueron acusadas 12 personas.
Quiñónez también lideró las indagaciones del secuestro del ganadero y actual candidato a senador, Fidel Zavala, registrado en el 2009. La labor de los representantes del Ministerio Público terminó con la condena de cinco de los responsables del caso: Graciela Samaniego, Nery López, Néstor Damián Ocampos, Noel Adalberto Ovelar y Hugo Gill.